COREMAP yang telah direncanakan berlangsung selama 15 tahun yang terbagi dalam 3 fase, kini telah memasuki fase kedua. Pada fase ini beberapa penelitian telah dilakukan, dengan penyandang dana dari "Asian Development Bank". Salah satu di antaranya penelitian ekologi terumbu karang untuk mendapatkan data dasar (baseline) di lokasi-lokasi COREMAP yang kemudian dilanjutkan dengan pemantauan (monitoring). Kegiatan monitoring ini bertujuan untuk mengetahui kondisi karang di lokasi tersebut apakah membaik atau tidak. Hasil monitoring dapat dijadikan sebagai salah satu bahan evaluasi keberhasilan program COREMAP.